Църковният учител преподобни Ефрем Сирин се родил към 306 г. през времето на Константин Велики (306–337 г.) в град Низибия (Низибия, или Низибида, – голям и многолюден град в Месопотамия), провинция Мигдония, която граничела с Персийското царство.
Според сирийски актове той бил син на езически жрец, но според указания в собствените му съчинения неговите родители били прости земеделци и добри християни. Между неговите прадеди и сродници имало няколко мъченици и самият той бил възпитан в страх Божи от ранно детство.
На сън била открита на майка му бъдещата слава на нейния син. С особено видение през време на неочакваното му престояване в тъмница, където бил затворен по недоразумение, той самият бил призован към духовно вглъбяване и молитвено внимание в изявите на Божия промисъл. Наскоро след излизане от тъмницата той напуснал света и се отдалечил при отшелниците в планината, където станал ученик на Св. Яков, който в 314 г. заел Низибийската епископска катедра. Той скоро придобил славата на велик молитвеник и мъдър наставник, а някои братя имали видения, които свидетелствували, че на св. Ефрем била дадена особена благодат от Св. Дух да проповядва и поучава християните.